1939年10月1日，在〖中〗央的主导下内蒙古军区进行了重组，重组后的内蒙古军区的分工更加的精细了，整个军区除司令员和政治委员外，还下设武装部、参谋部、政治部、后勤部、军工部、情报部、教育部七个部门。
韩云华依然担任内蒙古军区司令员，但是政治委员却由1占师政治委员罗荣桓调任，左权担任内蒙古军区参谋长。同时〖中〗央还对内蒙古军区现有的领导班子进行了调整，武装部主任由程子华调任、参谋长也就是参谋部的总负责人，所以不设部长主任。政治部主任由冀中军区政治委员沈玉泉担任、后勤部主任由杨瑞华继续担任、军工部主任则是由叶保国担任、情报部门依然还是由钱壮飞担任、教育部主任依然是由刘明远继续担任，这样一来整个内蒙古军区的高层干部除了叶保国和钱壮飞外，剩下的都是〖中〗央先后从各个部队调来的，其中包括沈玉泉、郭卫东等人。这些高层领导里面除了钱壮飞是韩云华特意要求的外，剩下的全部由〖中〗央决定，包括叶保国和杨瑞华。
同时在〖中〗央的支持下，韩云华在很短的时间内完成了对内蒙古军区所有部队的整编，整编后的内蒙古军区保留十个步兵师、四个骑兵师、两个炮兵旅、一个独立机械化旅、四个独立警卫团、一支特战队、同时还保留了22个地方保安团。
而每支部队的编制也进行了大范围的调整，韩云华根据战场的需要以及内蒙古军区自身的特点，将每个步兵师的编制调整成两旅六团制的加强步兵师，也就是说内蒙古军区的每一个步兵师都有两个步兵旅，每一个步兵旅都有三个步兵团，除此之外还有骑、炮、工、警卫各一个团，除了步兵团两千五百人的编制外，剩下的骑兵团一千三百人、炮兵团一千五百人、警卫团一千两百人、工兵团一千两百人”加上师部的尖刀营、通讯连、卫生连等部队，全是总兵力满员为两万一千二百人。
相对于步兵师而言，骑兵师的编制就要简单的多了，内蒙古军区的每一个骑兵师都只有四个一千五百人的骑兵团和一个一千二两人的火力支援团，全是总兵力为八千人。
最重要的是韩云华对特战队也进行了调整，将现有的飞龙、雄鹰、猎舆、雏凤四个特战中队全部升格为大队，每个大队下设三个特战中队，每一个特战中队下设四个特战小队和一个教导小队。每个教导小
队下辖四个13人的战斗组，其中教导小队原则上是不参加战斗的，主要是留在塞北军事指挥学院进行教学工作，为特战队不断地输送人才。
尽管每一个特战大队的人数只有六百人左右”但是整个特战大队的规格为旅级军事单位。
对于内蒙古军区各部队的军政主官党〖中〗央也进行了通盘考虑，决定调129师政训处主任张浩、385旅哥旅长王维舟、385旅昏旅长许世友、769
团团长陈锡联、770团副团长胡奇才、771团团长徐深吉、参谋长黄新友、772团哥团长王近山、教导团团长张贤约、115师教导大队大队长胡大荣、特务团团长吴世安、第686团政治委员刘西元、东进抗日挺进纵队司令员兼政治委员肖华、第5支队支队长曾国华、第6支队兼太西军分区支队长何光宇、政治委员张北华、第口大队政治委员王凤鸣、120师358
旅副旅长李井泉、715团哥团长顿星云，政训处主任黄延卿、716团团长宋时轮、359旅昏旅长王震、718团团长文年生、教导团团长彭绍辉总计万名军政干部调往内蒙古军区，但是具体怎样安排这些人〖中〗央并未作指示，只是让韩云华自己酌情安排”同时给了内蒙古军区75个到延安学习的名额。
拿到这份名单后韩云华也傻眼了，这份名单中单单后世大将就有好几个，抗战胜利后这些最少都是个少将，根本就没有少将以下的，像肖克、王维舟、陈锡联、李井泉、宋时轮等人更是共和国历史上鼎鼎有名的军中元老，再加上罗荣桓这位后世十大元帅中的军神，韩云华自己都不知道该怎样安排他们这些人了。
但是韩云华也知道部队整编刻不容缓”不管怎么说这些人都是党〖中〗央安排下来的，再加上这一次整编部队的编制又多出好几个师旅来，高级干部原本就缺少，原本军区的那些师长政委都是临时的，撤了也就撤了，党〖中〗央这次虽然说本意是为了，“掺沙子”但是在韩云华看来党〖中〗央是帮了他的大忙了。
经过军区高层讨论后决定，韩云华不再担任整编第300师以及教导师师长的职务，全军的丰二个步兵师除了整编第300师和独立77师的番号不变外，剩下的全部改变成内蒙古军区野战师1具体的军政干部的安排如下：整编第300师师长杨成武、政治委员宋时轮、副师长兼政训处主任胡奇才。
独立77师师长陈＊、政治委员陈锡联、划师长兼政训处主任徐深吉。野战一师师长王维舟、政治委员姜云衫、勇师长兼政训处主任黄新友。
野战二师师长肖华、政治委员王剑、哥师长兼政训处主任王近山。
野战三师师长王震、政治委员张明亮、哥师长兼政训处主任王志福。
野战四师师长李井泉、政治委员曾国华、哥师长兼政训处主任吴世安。
野战五师师长李大勇、政治委员王凤鸣、昏师长兼政训处主任李家祥。
野战六师师长许世友、政治委员张北华、哥师长兼政训处主任刘西元。
野战七师师长何光宇、政治委员鼻绍辉、昏师长兼政训处主任顿星云。
野战八师师长郭卫东、政治垂员黄延卿、哥师长兼政训处主任文年生。
骑兵一师师长傲烈格、政治委员李烈光。
骑兵二师师长胡敖日格勒、政治委员蒋光烈。
骑兵三师师长童家勇、政治委员王志勇。
骑兵四师师长鲁江、政治委员许世国。
炮兵一旅旅长李保国、政治委员王家粱。
炮兵二旅旅长张福勇、政治委员黄志国。
机械化旅旅长万国权、政治委员徐国卿。
经过这次大整编，内蒙古军区只留了二十八万正规部队剩下的全部转成预备役，也就是地方保安团。同时在韩云华的命令下，各部队的团长以上的干部立即到军区报道包括各个地方保安团的团长和政委，团长和政治委员全部到塞北军事指挥学院学习三个月。而师旅一级的正职随同内蒙古军区替换下来的一百二十一名干部一起赴延安学习带职学习期为半年暂时没有职务的学习期为一年。至于部队里的事情暂时交由哥师长之类的哥手接管，而且军区会在塞北地区休整半年左右。
〖中〗央对于内蒙古军区的这次整编很满意，当然了，当接到罗荣桓发来的关于内蒙古军区高级军政干部严重缺乏的电报时〖主〗席等人似乎也清楚自己一行人又被韩云华给涮了。不过内蒙古军区这几件事情办的确实不错，尤其〖主〗席等人返回延安的时候跟在后面的两百多辆大卡车上满满当当的物资以及这几天陆续送到八路军总部的八万多件棉衣确实没少减轻〖中〗央的压力，所以〖主〗席等人也就不计较这些小事情了。
经过整编之后内蒙古军区各部队都显得有些混乱，不管是从上层领导还是下层战士都对军区的这次大调整有些意见，其中很重要的一个原因就是很多战士们熟悉的干部都被调离了领导岗位，其中还包括十几个旅长昏旅长以及旅政治委员，战妻们一时间搞不清楚是怎么回事。另一方面是由于新来的干部对于内蒙古军区的情况缺乏十足的了解而且很多领导之前都是只领导一两千人个步兵团，但是一下子就被提拔到了师长雷师长或者师旅长，要知道内蒙古军区的一个步兵旅人数就多达八千三百余人，比起国民政府的一个步兵师也差不了多少，因此这些干部刚刚升任就显得有些拘谨。